农学论文哪里有？本研究观察到在基础饲料中添加丁酸梭菌会导致某些指标下降，这一发现提示我们在未来的研究方向中需要更细致地探索丁酸梭菌的最佳添加量和使用策略。
第1章 绪论
1.2 益生菌的简介及其研究现状
1.2.1 益生菌的概述
益生菌是指对宿主具有益处的活性微生物，涵盖了多种类型的微生物[9]。目前，不同种类的益生菌已被证明可以调控人和动物的肠道菌群组成结构，改善便秘和腹泻，缓解肠易激综合征等功能性胃肠道疾病，缓解乳糖不耐症，降低血清胆固醇水平，促进免疫系统发育功能等[10]。
现有研究认为，益生菌的作用机制主要包括几个方面（见图1-1）：（1）定植在宿主肠道中，与宿主肠道菌群相互作用，直接对抗有害微生物并与宿主肠道中肠道菌群协同发挥作用。肠道菌群组成的紊乱可导致人和动物的胃肠道疾病，而益生菌在肠道中定居后，益生菌分泌的具有有益作用的活性化合物可以帮助肠道维持微生物群的平衡；这包括增加肠道生态系统中有益细菌的数量，同时减少有害细菌的丰度[11]。（2）代谢或分泌有机酸、短链脂肪酸、外源消化酶等物质，通过肠肝轴等途径影响宿主，从而发挥作用。益生菌可通过在肠粘膜中的定植和与粘液层的相互作用，调节免疫反应，从而增强抵御外部威胁的能力，且其产生的生物活性分子，如细菌素、维生素、短链脂肪酸、酶和氨基酸，本身亦可对宿主起到有益作用[12]。
第3章 丁酸梭菌对花鲈肠道功能的影响
3.1 材料与方法
3.1.1 饲料制作与养殖管理
同“2.1.1-2.1.3.”。
3.1.2 切片制作
样品取自6个不同浓度添加丁酸梭菌饲料投喂54 d的花鲈（“2.1.1”）.每个桶选取2尾鱼，对其尾静采血，进行断鳃放血后对鱼体进行解剖，分离肠道剪成适当大小的组织，并在波恩氏液中充分固定。样品固定24 h后，用70%的酒精每6 h清洗一次，三次清洗后，将组织置于包埋盒，然后依次在70%、85%、95%乙醇中20分钟，然后在100%的乙醇中浸入10 min中后脱水。使用二甲苯进行浸蜡，之后放入65℃的烘箱中进行包埋。在石蜡切片机（金华市科迪仪器设备有限公司）切成4-6 μm切片，使用KD-T傩片机傩片（金华市科迪仪器设备有限公司），60℃烤3 h。之后进行苏木精-伊红染色，酒精脱水，封片。取各组织在光学显微镜下观察并拍照。
第4章 利用转录组和代谢组学分析丁酸梭菌对花鲈肝脏功能的影响
4.1 通过转录组学分析丁酸梭菌对花鲈肝脏功能的影响
4.1.1 材料与方法
4.1.1.1 试验材料
花鲈养殖和采样见“2.1.1”，肝样品采集后液氮速冻24 h后放入-80℃冰箱保存，以进行试验的m RNA分析。本试验根据生长、生理生化指标结果，挑选了肝脏组织的对照组和添加0.3%丁酸梭菌组进行转录组和代谢组分析，各个样品命名见表4-1。
4.1.1.2 总RNA提取
使用天根TRIzol试剂盒对花鲈肝脏组织的总RNA提取。采用Nanodrop 2000微量分光光度计进行RNA浓度和纯度检测，并使用Agient2100,LabChip GX（铂金埃尔默LabChip GX）对完整性进行检测。RNA总量≥2 ug，满足2 次建库，浓度≥40 ng/uL，体积≥10 uL，OD260/280 在1.7-2.5 之间，OD260/230 在0.5-2.5 之间，260 nm 吸收峰正常， 且RIN 值≥7。
4.2 通过代谢组学分析丁酸梭菌对花鲈肝脏功能的影响
4.2.1 材料与方法
4.2.1.1 试验材料
同“4.1.1”。 4.2.1.2 试验方法 称取50 mg样本，加入1000μL含有内标（1000:2）的提取液（甲醇乙腈水体积比=2:2:1，内标浓度2 mg/L），涡旋混匀30秒；加入瓷珠，45Hz研磨仪处理10min，超声10min（冰水浴）；每个样本混合上清液取10μL以制备质控（QC）。LC/MS系统采用沃特世Acquity I-Class PLUS超高效液相串联沃特世Xevo G2-XS QTof高分辨质谱仪组成的Acquity UPLC HSS T3 色谱柱（1.8 µm 2.1 × 100 mm）。溶剂梯度变化如下：98% A（0min）、98% A（0.25min）、2% A（10min）、2% A（13.0min）、98% A（13.1min）和 98% A（15min）。
将收集到的原始数据使用Progenesis QI软件进行处理。比对KEGG、HMDB和LIPID MAP数据库以获取已识别化合物的分类和途径信息。根据分组信息，计算并比较差异的多样性，并使用t检验计算每个化合物差异的显着性P值。进行OPLS-DA建模，并进行200次排列测试来验证模型的可靠性。模型的VIP值是通过多次交叉验证计算得出的。使用OPLS-DA模型中的差异多样性、P值和VIP值的组合筛选差异代谢物。筛选标准为FC>1、P值<0.05、VIP>1。采用超几何分布检验计算具有KEGG通路富集显着性的差异代谢物。
第5章 结论与展望
5.1 全文总结
本研究通过在基础饲料中添加丁酸梭菌并设计养殖试验，探究丁酸梭菌对花鲈各方面的影响。一方面，本研究拟为丁酸梭菌作为绿色饲料添加剂对于水产动物的应用提供更多的理论依据。另一方面，旨在探究益生菌对于水产动物肝脏的影响及其机制。本研究具体结果如下：
添加0.2%-0.3%的丁酸梭菌可以提高花鲈的生长性能和消化能力。丁酸梭菌能够一定程度的提高花鲈的免疫力和抗氧化能力。
添加丁酸梭菌可以降低花鲈肠道粘膜通透性，增加花鲈肠绒毛长度、绒毛宽度和肠壁厚度，提高肠道屏障作用。促进肠道的有益菌丰度增加，改变肠道菌群结构。
添加丁酸梭菌能够调节葡萄糖代谢、脂质代谢和氨基酸代谢途径的转录水平，并调节花生四烯酸、巴豆酰辅酶A和D-葡萄糖1-磷酸等代谢生物标志物的丰度。丁酸梭菌主要通过调节碳水化合物代谢和脂质代谢的途径来增强花鲈肝脏代谢能力。
参考文献（略）
