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基于SiNW阵列的生物医学检测用基因传感器探讨

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  • 用途: 硕士毕业论文 Master Thesis
  • 作者:上海论文网
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  • 论文字数:38966
  • 论文编号:el2022010121302228072
  • 日期:2022-01-01
  • 来源:上海论文网

生物医学论文哪里有?本文基于 SiNW 阵列构建了生物传感器用于肿瘤标志物 ctDNA 的实时检测。为了进一步推动 SiNW 阵列在肿瘤标志物上的应用,今后可以对以下工作,做更深入细致的研究:1、SiNW-FET 生物传感器主要受分子相互作用施加的电场进行电导调制,由于德拜屏蔽效应,灵敏度会相应降低。然而,在高盐缓冲溶液中评估分析物是非常困难的,常见的降低德拜屏蔽效应的方法是降低缓冲液离子浓度。除此之外,还有其他方法待开发例如施加外电场,可以更好的避免德拜屏蔽效应。2、APTES 通常用于传感器的表面修饰,将对应 DNA 探针固定到传感表面,以实现目标DNA 检测。但在修饰过程中可能出现由于分子间静电作用,导致修饰率低。除 APTES 之外,还有如 3-巯丙基三甲氧基硅烷等其他待开发的连接剂来提高修饰率。


第 1 章  绪论


1.3 硅纳米线场效应管生物传感器的国内外应用研究

1.3.1 核苷酸检测 随着对生活品质的要求的不断提高,智慧健康逐渐成为人们关注的热点。而由 SiNW 制成的传感器可用于检测生物小分子、DNA、RNA、酶类等物质,实现疾病诊断。有效的 DNA检测可以鉴定基因的类型,评估身体的健康状态,以及诊断和预防重大疾病。近年来,SiNW-FET 生物传感器具有高速传输和自由标记检测能力,并在 DNA/RNA 检测方面展现出超高灵敏度(fM  级)。

DNA 检测的原理是基于场效应传感,即互补的单链 DNA 与目标 DNA 杂交,在 SiNW 表面产生静电场,调节电荷分布,改变源漏电流。场效应晶体管作为换能装置,将该生物间的微弱变化进行放大处理,转化成可被检测的漂移电流,并通过伏安特性曲线 I-V 表征。Wang等人[31]为此构建了漂移扩散电荷输运模型解释栅电压变化。

近年来,SiNW FET 生物传感器常用于检测特定的 DNA 序列,以获取相关癌症或其他疾病的重要信息。Gao 等人[27]成功实现了对两种禽流感致病性毒株(H1N1 和 H5N1)DNA 序列的选择性检测,其硅纳米线截面图以及晶片上 SiNW 阵列示意图如图 1.12 所示。Lin 等人[32]提出了 Poly-SiNW FET 生物传感器对 DNA 实现了特异性和超敏感(fM  水平)检测,以获取高致病性禽流感病毒(H5 和 H7)的相关信息。

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第 3 章  基于 SiNWs 的 FET 生物传感器检测癌症标志物 ctD NA 的研究


3.1 引言

近年来,生物传感器技术[44-46]以其优异的灵敏度和特异性在 ctDNA 检测中显示出独特的优势。目前,各种定性检测 ctDNA 的方法已经被提出。例如,Nguyen 等人[47]使用局部表面等离子体共振(Local Surface Plasmon Resonance, LSPR)技术分析 ctDNA 的肿瘤特异性突变和甲基化。Kang 等人[48]引入了微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet Digital Polymerase Chain Reaction, ddPCR)来定量血浆 ctDNA。此外,还有其他方法,如扩增阻碍突变系统(Amplification Refractory Mutation System, ARMS)[49],DNA 水凝胶[50]。但是,这些方法仍然存在一定的局限性:(1)将 DNA 识别的化学信号有效转化成相应的电学信号,并能有准确读出。(2)实现高灵敏度检测需要昂贵的设备以及复杂的工艺步骤,这也限制了传感器的大规模应用。因此,迫切需要开发一种便携式、超灵敏、无标签、低成本、简单的 ctDNA 检测方法。

目前,具有优良导电性能的纳米材料为克服这些障碍开辟了新的策略。纳米材料,如碳纳米管[18, 51]、石墨烯[52]、纳米颗粒[53]、硅纳米线受到越来越多的关注。尤其是硅纳米线[24],其体表比大、生物相容性好,被广泛应用于生物医疗检测[20, 54]、工业控制[55, 56],以及自动控制[57]等领域。此外,它在检测中拥有良好的空穴或电子转移能力,能敏感地感知表面静电场环境的微小变化[27]。因此,它具有比其他装置更快的响应速度和更高的检测特性。 

而硅纳米线与场效应晶体管集成,形成的 SiNW-array FET,可以将成功的结合现象转化成可读电信号[58]。并且通过 MEMS 制造技术,传感器可以在微米、纳米尺度上实现更高的分辨率。但是目前,SiNW 场效应管传感器的性能主要受到 SiNW 数量的限制,而集成的 SiNWs阵列,与单个 SiNW 相比,具有更强的响应信号和更高的信噪比,可以简化测试电路,并有效降低了生产成本。


第 4 章  基于 AuNPs 和 RCA 的硅纳米线阵列生物传感器信号放大技术研究


4.1 引言

如今,随着人口增长和老龄化趋势的加剧,癌症已成为威胁全球健康的主要原因[67]。由于对肿瘤标志物的实时监测可以提供肿瘤的当前信息,因此肿瘤的存在和发展[69]常通过外周血中的肿瘤标志物[68]来监测,以便于监测全身的抗癌治疗,并确定合适的治疗靶点[69]。循环肿瘤 DNA 作为一种有效的肿瘤相关生物标志物[70],其 E542k 是许多癌症中众所周知的突变热点[71, 72]。基于 SiNW-array FET 的 DNA 检测技术因其独特的电学特性和极高的灵敏度可以有效的识别目标 ctDNA,将 DNA 分子间的特异性结合转化成电信号变化。而 SiNW 作为传感元件,拥有较高的体表比和高传输特性,且能够敏锐的感受外界电势的变化[73]。但是在极低浓度下,功能化后的 SiNW-array FET 不能准确的识别目标 ctDNA,即 ctDNA 与传感器表面上的捕获探针特异性结合产生的电场变化,无法驱动 SiNW 内部空穴进一步累积。因此在源漏极处检测到的电流变化不明显。而且,在极低浓度下,传感器更容易受到外界环境的变化,导致信号不稳定。因此,为了提高传感器的检测灵敏度,需要对检测信号放大。

目前,已经提出了许多放大技术[74]来提高生物传感器的灵敏度。如 Tjing 等人[75]提出了表面引发的酶聚合技术,这种扩增方法利用末端脱氧核苷转移酶(TdT)替代了 DNA 模板进行催化扩增。Liu 等人[76]报道了一种基于自催化和外切酶辅助的目标回收扩增方法,可检测出低至 10 fM 的 DNA。此外,聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)[6]、RCA 扩增[73]、其他等温扩增[77]等方法也用于扩增特定的序列。其中 RCA 是最常用的扩增策略之一。通过环状 DNA 为模板,在 phi29 DNA 聚合酶的作用下,将合成原料 dNTPs 生成互补且序列单元重复的 DNA 分子。每个模板包含许多个检测位点[53]。这种扩增技术相比于其他的扩增技术,步骤简单,方便快捷,且不需要特殊的实验环境[78],而被广泛的应用于 DNA、RNA 和蛋白质等诊断基因组学[79]和蛋白质组学[80]中。此外,AuNPs[81]因其具有大的比表面积、独特的物理化学性能、突出的生物相容性[82]能被广泛用于传感器灵敏度的优化[83]。其巨大的表面积可以负载大量的 DNA 探针和电化学标签,来实现信号的放大。Zhang 等人[84]利用 DNA 链偶联 AuNPs 制作了一个纳米探针,成功构建了检测限为 10 fM 的电化学 DNA 传感器。Wang等人[85]利用 AuNP 标记 DNA,其传感器灵敏度下降到 fM  级。而 RCA 扩增技术与 AuNPs 的结合,更能进一步增强检测信号,提高传感器的灵敏度。Zhu 等人[53]提出了一种基于滚环放大和纳米金的沙门氏菌检测方法,通过结合 RCA 和 AuNPs 双重扩增策略,极大地提高沙门氏菌检测灵敏度。


4.2 传感机理

SiNW-array FET 生物传感器与其他生物传感器相比,拥有高载流子移动率、高电流开关比以及接近理想亚阈值斜率等优越的物理性能,能够敏锐地感知外界电场的变化。它的检测原理主要是基于本征载流子的变化,调控源漏极之间的电流。

本实验主要是基于 SiNW-array FET 的传输特性,通过金纳米粒技术和滚环扩增技术扩大DNA 负电荷聚集信号,提高传感器的灵敏度。在本实验中,设定的目标对象是肿瘤标志物ctDNA 中的片段,其中包含常见的 E542k 突变位点。其检测原理如图 4.1 所示。

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第 5 章  总结与展望


5.2 工作展望

本文基于 SiNW 阵列构建了生物传感器用于肿瘤标志物 ctDNA 的实时检测。为了进一步推动 SiNW 阵列在肿瘤标志物上的应用,今后可以对以下工作,做更深入细致的研究:

1、SiNW-FET 生物传感器主要受分子相互作用施加的电场进行电导调制,由于德拜屏蔽效应,灵敏度会相应降低。然而,在高盐缓冲溶液中评估分析物是非常困难的,常见的降低德拜屏蔽效应的方法是降低缓冲液离子浓度。除此之外,还有其他方法待开发例如施加外电场,可以更好的避免德拜屏蔽效应。

2、APTES 通常用于传感器的表面修饰,将对应 DNA 探针固定到传感表面,以实现目标DNA 检测。但在修饰过程中可能出现由于分子间静电作用,导致修饰率低。除 APTES 之外,还有如 3-巯丙基三甲氧基硅烷等其他待开发的连接剂来提高修饰率。

3、疾病的准确诊断不仅仅依靠单个标志物,而是多种标志物的结合。目前,已有文献实现对多种生物标志物检测的方法。而论文中只针对肿瘤标志物 ctDNA 的检测,未来可通过改进修饰技术,微通道设计,完善分析系统,结合便携式现场测试设备,进一步实现基于硅纳米线阵列的多种标志物实时检测。

4、目前的实验,采用的是合成的 ctDNA 序列,并且实验过程主要是在 PBS 缓冲液中进行。然而,在实际 ctDNA 检测过程中,ctDNA 游离在人体血液样本中,环境更加的复杂。未来需要进一步展开对血清中 ctDNA 的检测。

5、在血清样本中,各类带电分子间的相互作用会受德拜屏蔽效应的影响,其中,血清样本浓度越高,屏蔽效应更加明显。通常,大多数报道的文献常采用稀释血清的方法来增加德拜长度,降低屏蔽效应。除此以外,还有其他有待开发的方法来处理血清样本,进一步降低屏蔽效应,提高传感器的检测灵敏度。

总之,基于 SiNW 阵列生物传感器未来的研究方向将重点突破多通道、多目标、高灵敏、高选择等方面的研究,为促进其在疾病诊断、早筛和治疗的应用,加快商业化步伐奠定扎实的理论研究基础。

参考文献(略)

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