教育内部审计风险是指学校上报财务报告事实上存在错误、漏报或财务管理上存在弊端和漏洞，而内部审计人员认为财务报表是合法、公允的以及内部管理是健全有效的，并依此提出不恰当审计意见的可能性。审计风险分为固有风险、控制风险、检查风险。审计三种风险既互相联系，又互相制约。
一、风险原因
1、被审计单位的经济管理水平不高，内部控制制度不完善。校长负责制的实行，使校长的权力集中，难免产生“权力会计”，出现虚报发票，隐瞒收入；校办企业管理体制不顺，资产界限不清晰，联营办厂的资金投入无法收回，学校的债权债务无法界定，给审计工作带来风险。
2、会计工作本身存在问题。教育系统的会计人员业务水平参差不齐，素质不一。有的账务处理不规范，导致会计资料失真，会计责任心不强，使会计资料保存不全，会计核算有误，使会计报表不能真实反映学校的经济状况。如会计人员轮岗移交不规范，使审计人员不能全面审查学校的真实情况，导致审计结论产生偏差，从而产生审计风险。
3、内部审计工作的局限性及内审人员业务素质还不太高。教育内部审计主要对教育体育局所属各单位行使监督与服务，为教体局领导提供参谋，受人际关系的限制，其独立性较弱，同时，由于教育系统涉及的单位较多，审计人员少，任务重。在此情况下，审计人员对需要审计的单位缺乏深刻的了解，再加之审计人员受经验、能力的限制，使用的审计方法不当，也会产生审计风险。
4、审计调查取证不充分。在审计过程中，审计人员往往得不到被审计单位的支持和配合，有时甚至遭到拒绝。如1998年对某镇教委领导离任进行审计，就为几张购买办公用品无明细项目的“定额发票”有疑问，审计人员要进行个别调查核实取证时，却遭到拒绝。
对此，审计人员做了极其艰辛细致的思想工作，终于核实了几张总额几千元的办公用品发票，实为购买通讯工具之用。又如某校把校舍出租用于招商网点和餐饮业。按照合同规定由承租者履行合同各项条款，但实际又是怎么办理的呢？甲方购买办公日常用品，对外招待等，发生时都不作付款处理，只在明细单上由经办人签个字了结，到了一定时间甲乙方以相互抵账进行结算。这样一来，导致了甲方不能足额作收入，乙方亦不能作足额收入，甚至偷漏了国家税收，有的乙方承包中途转手承租给第二、三者，使承租合同复杂化，租金迟迟不缴，且欠缴的水电费，也要甲方垫付。由此足以说明有的单位（学校）仍采取上有政策下有对策，给审计取证带来很大困难，对所核查的学校（单位）财务收支的真实性有了折扣，审计风险也就此产生。
二、避免审计风险的对策
1、努力提高审计人员敏锐的感知能力。敏锐性是长期经验积累和自身理论结合的结果。审计人员在实践中，应针对不同的审计案例，分析了解被审计人员的不同心理状态，运用辩证的逻辑思维方式，去感知审计事项中可能出现问题的事项。因此得体的言谈、诚恳务实的态度、精益求精的工作作风都有利于开展审计工作，有利于避免审计风险。
2、掌握和利用灵活的工作方法。透过现象抓本质，把审计过程中取得的资料、数据、信息加以系统的整理，通过综合分析，获得充足的审计证据，以提高审计工作质量。加强业务培训，提高审计人员的综合素质，就可以避免审计风险。
3、严格审计程序，加强审计质量的控制。审计质量体现在审计工作各个环节的质量上，加强审计质量的控制要建立健全审计各阶段的内部质量控制制度，严格履行相关的审批复核手续，通过明确的岗位分工，做到职责清楚，行为规范，从而降低审计风险。
4、对审计工作的风险性要有适度估量。在制定审计计划阶段，要充分了解被审计单位的基本情况，掌握其经济管理中的薄弱环节，确定好审计的范围和重点。审计的“重要性”是影响审计风险的一个重要因素，重要性越高，审计风险性就越低，相反，重要性越低，审计风险性越高。
